永豐餘自此開始，逐漸打造出一個從傳產，橫跨到金融事業、生技與科技領域的大型企業集團。以生技為例，何壽川早在1984年就協助李國鼎創辦台灣生物技術開發中心，2003年還成為第一位由民間出任的董事長。他也資助創立新藥公司太景生技，2005年時更響應當年扁政府希望有民間種子基金扶植台灣生技產業發展的願景，由永豐餘集團出資六成成立「上智生技創投」。
此外，為了不落後於1990年代興起的液晶面板潮流，他成立元太科技主攻小尺寸面板。後來因為受到美國麻省理工學院開發的電子紙技術吸引，改變元太的經營方向，造就今天元太成為全球電子紙龍頭。
不過，相較於過去一個國家的紙張消費量都與經濟成長率呈現正相關，隨著網路興起、智慧型手機普及，「大約自2010年開始，紙的消費和GDP就幾乎脫鉤了。」華紙總經理陳瑞和說。
為跟上產業環境的改變，永豐餘再展開轉型。自2005年起陸續將工業用紙和家用消費品、文化用紙等部門切割獨立後，在2012年更名為永豐餘投資控股公司，成為國內傳產製造業轉型投控的先驅。
何壽川在永豐餘投控成立時指出，轉型的目的，「是相信各個事業應該獨立專精地走自己的路，有能力做到產業的唯一，看清楚變的本質，才能持續因應接連的挑戰。」他也認為永豐餘透過投控架構，可以站上策略管理的制高點，專注資產效率與配置、外投育成、引進結盟，成為投資、管理、整合平台。
永豐餘變身投控後，將旗下事業分為七大事業群，逐步擴增至103家子公司。透過不斷育成新的獲利單位，每股淨值從轉型前的15.69元，到2024年第三季達40.29元，成長率高達157%，這樣的成績，在國內的大型傳產製造業確實相當罕見。
截至2024年11月中旬，永豐餘集團旗下共有9家上市櫃公司，合計總市值超過7300億元，其中以元太科技近3300億元最多，再來是永豐金控市值達2900億元；排名第三的永豐餘投控市值則約490億元，13年來也成長了一倍。
但如今，永豐餘在環境議題及數位化浪潮下，又面臨新的挑戰，因此就在集團邁入百歲大關之際，何壽川再度推動第三次轉型。畢竟，紙在永豐餘相關企業的產品開發、製程改善的思維中，始終是最重要的根本。但紙業一般都被視為工業排碳大戶，也是碳費課徵對象，「原因是造紙的加熱、烘乾等製程，需要一定的熱值，必須用到電和熱。」葉惠青說。
這一次，永豐餘在投控的架構下，將變身成為氣候科技的全方位解決方案提供者。永豐餘投控營運長朱承先表示，「我們會透過能源轉型、資產活化、新創孵化這三枝箭，在鞏固紙業之外，讓產品更多元。」
升等》第三波轉型 定位氣候科技解決提供者
簡單地說，永豐餘的轉型目標是除了讓造紙製程更低碳、低耗能，新開發的產品也可以藉完全回收、完全循環的特性，有廣泛的應用情境，也就是何壽川長期推廣的「醣經濟」。如此不但能將碳費的衝擊降到最低，其中的技術，也可以為永豐餘開發出新的獲利模式與新的市場機會。
事實上，永豐餘可說是台灣最早投入生質能發電領域的製造業者；1969年，華紙就在花蓮廠利用殘餘原料的木片，提煉出木質素作為發電機燃料。如今永豐餘集團內，生質能發電的裝置容量仍是台灣規模最大。華紙花蓮廠的木質素發電容量達20MW（百萬瓦），預計2026年還會擴增一倍的發電量，將可滿足廠區負載，甚至有餘電出售的利益，這就是最好的例子。
永豐餘工紙在新屋廠也有5MW的沼氣發電。特別的是，靠著獨門培養出的厭氧菌技術，與傳統豬糞、廚餘等需要20天以上才能產出沼氣相比，新屋廠只需花費4小時就能產出83%濃度的沼氣。透過這套厭氧技術，新屋廠不僅將廠內汙泥去化減量40%，並將廢水轉化成為沼氣能源化。2023年也因此拿下桃園龜山水資源回收中心ROT（先修建、再經營、後移轉）案，開始進入商業化階段。
「不只是發電，更重要的是導入智慧能源系統。」葉惠青透露，大多數業者建儲能場都是為了參與台電的電力交易平台，以儲能容量換取現金收入；但到農曆年前，新屋廠的「表後儲能」建置完成，配合智慧能源系統，可以讓廠區依照與台電的契約容量與時間電價，調度自發電力；也將擁有獨立的微電網，即使遇到台電跳電，也能以孤島模式維持廠區運作，將是國內製造業的首例。
和能源轉型一體兩面的，是智慧製造。永豐餘在2000年就把企業內部IT部門獨立，另外成立元信達公司，由投控100%持股，成為帶領永豐餘集團數位改革的最大軍火庫。從2015年最新的ERP（企業資源規畫的綜合軟體系統）上線，到近年也開始導入AI。
因為造紙是連續性製程，不像電子業是分段作業，加上原料的品質無法一致，最終產品又只能抽檢，良率較難控制。永豐餘為了解決這個問題，找上被譽為「台灣半導體自動化教父」的成大教授鄭芳田，結合新創公司先知科技，運用智慧聯網（AIoT），在高雄久堂廠打造出全自動虛擬量測技術（AVM）。
這套AVM系統，把造紙製程中1000多個分析參數，簡化為不到50個，讓現在久堂廠產出的每一張紙都受到完全檢測，還可以自動優化設備參數，讓生產效率和品質最佳化。由於是產學合作，成本划算、經濟效益大；也因為看到先知科技在智慧製造的實力，及其運用AI協助多家企業的實績，永豐餘在去年入股了這家新創企業3成股權。
在這些基礎上，永豐餘得以持續創新。例如華紙產品規格總計有上百萬種品項，其中許多還是全球市占名列前茅，尤其是工業用的離型底紙，已經是許多科技大廠在製程中不可或缺的材料供應商，仍持續朝產品高值化和纖維材料化推出新品，讓紙漿的運用延伸。例如完全無塑膠淋膜的全紙食器、無塑的膠帶，最近還成功開發出紡織纖維，今年已經開出試驗產線，未來也大有機會成為獨立的獲利單位。
產業界人士比喻，永豐餘已從一座紙廠，演化成一艘承載材料、生技、科技、能源等各種戰鬥機的投控航空母艦，在面對趨勢的快速變化時，能隨時應戰。然而，如此龐大的企業體，在國際情勢的影響下，也有其負擔，畢竟紙業就是中國產能外溢的受害者之一。
朱承先表示，現下所做的就是讓成本更有競爭力，「在市場很捲的情況下，這就是一場耐力戰。」而前述的能源和數位轉型工程，都已經帶來成本降減的效果。葉惠青則認為，永豐餘能有100年，靠的就是堅持理念、不斷創新，技術和創新元素才是最大的挑戰，「要快、要強，這條路永豐餘是看得很遠的。」
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